Mit „Forschung in Museen“ wurden deutschlandweite Forschungsprojekte gefördert, die Museumssammlungen in den Fokus nahmen. Dabei standen sammlungsbezogene Forschung durch einzelne Postdoktorandinnen und Postdoktoranden, kooperative Forschungsprojekte an mittleren und kleineren Museen sowie Workshops und Veranstaltungen im Mittelpunkt. Reine Dokumentations- oder Inventarisierungsprojekte sowie Restaurierungs- und Erhaltungsmaßnahmen waren ausgeschlossen. Derzeit bietet die VolkswagenStiftung kein spezielles Förderangebot für Museen an. In verschiedenen Förderangeboten können Museen in Kooperation mit Universitäten finanzielle Unterstützung beantragen.